Babası Dîvân-ı Hümâyun kâtiplerinden Mehmed Emin Şükûhî Efendi, annesi meşhur hekimbaşılarından Büyük Hayrullah Efendi'nin kızı Nefîse Hanım'dır. Kardeşi Abdülhak Molla da II. Mahmud devri hekimbaşılarındandır. İstanbul'da doğdu, iyi bir medrese tahsili gördü. Yirmi yaşlarında iken Dîvân-ı Hümâyun tercümanı Yahyâ Nâci Efendi'den Latince ve İtalyanca öğrendi. Bu arada bir nevi aile mesleği olan tıpla meşgul oldu ve bu alanda kendini yetiştirdi. Bir yandan da bazı medreselerde müderrislik yaptı. Şeyhülislâm Mekkî Efendi zamanında kendisine sâniye-i mîr-i mîrân (beylerbeyi) rütbesi verildi ve 1796'da saray hekimleri arasında yer aldı. Burada yedi yıl hizmetten sonra 1803'te hekimbaşılığa getirildi. Bu mevkide iken 1805 yılında Kuruçeşme'de bir tıbbiye mektebi açtırma teşebbüsünde bulundu. Ertesi yıl devrin Bahriye nâzırı tarafından hazırlanan bir takrirle donanmaya bağlı yeni bir tıphâne ve hastahane açıldı. Aynı tarihte İzmir kadılığı pâyesini aldı. III. Selim'in tahttan indirilmesi üzerine o da azledildi. II. Mahmud zamanında Mısır kadısı oldu (1812) ve sırasıyla Mekke, Medine ve İstanbul kadılıkları pâyelerini elde etti. 1817'de devrin nüfuzlu şahsiyeti Hâlet Efendi'nin tavsiyesiyle ikinci defa hekimbaşılığa getirildi. 1821'de Anadolu kazaskeri oldu ve Meclis-i Vâlâ'da da görevlendirildi. Ancak aynı yıl yine Hâlet Efendi'nin bu defa menfi tesiriyle görevlerinden alınarak Keşan'a sürüldü. Bir süre sonra affedilerek üçüncü defa hekimbaşılığa ve daha sonra da Rumeli kazaskerliğine tayin edildi. 1834 yılında yakalandığı şarbon hastalığından öldü. Mezarı Üsküdar Doğancılar'da Nasûhî Dergâhı (Camii) hazîresindedir.
Devrin idarecileri arasında da itibarlı bir yeri olan Behcet Efendi onlarla sık sık dış meseleler üzerinde tartışır ve genellikle görüşleri benimsenirdi. Gerek Yeniçeri Ocağı'nın ilgası, gerekse yeni kurulan Asâkir-i Mansûre-i Muhammediyye'nin teşkilâtlanması sırasında önemli hizmetleri geçmiş, II. Mahmud tarafından birkaç defa taltif edilmiştir. Onun II. Mahmud'a verdiği bir lâyiha üzerine Şehzadebaşı'nda açılan Tıbhâne-i Âmire 1827'de öğretime başlamış, burada Batı'daki tıp kurumlarında okutulan anatomi, fizyoloji ve pratiğe dayalı klinik derslerine ağırlık verilmiş, bu dersler için Avrupa'dan hocalar getirtilmiştir. Osmanlılar'da karantina usulü de yine onun himmet ve çabalarıyla gerçekleşmiştir. Diğer taraftan eski çağlardan beri kullanılan halk ilâçlarıyla tedavi usullerini toplamaya çalıştığı Hezâr Esrâr adında bir kitap telifine başlamış, böylece hem eski tıbbın son temsilcilerinden hem de modern tıbbın öncülerinden biri olmuştur. Behcet Efendi yerli ve yabancı devlet büyüklerinin uğrak yeri olan Bebek'teki meşhur yalısında hayatı boyunca topladığı değerli kitaplardan oluşan bir de kütüphane kurmuştur.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi