Kahire'de doğdu. Nesepleri Hz. Ebû Bekir'e ulaştığı için Beytü'l-Bekrî veya Beytü's-Sıddîkı diye tanınan ve birçok âlim yetiştirmiş olan bir aileye mensuptur. İlk tahsilini Hidiv Tevfik Paşa'nın, torunları için yaptırdığı el-Medresetü'l-aliyye'de tamamladı. Fransızca'yı burada öğrendi. On yaşında iken babasını kaybetti ve ağabeyi Abdülbâkī'nin himayesinde büyüdü. Daha sonra Ezher Üniversitesi'ni bitirdi. 1892'de ağabeyi Abdülbâkī'nin ölümü üzerine Bekrî ailesinin üstlendiği Bekriyye tarikatı şeyhliğiyle meşâyihu't-turukı's-sûfiyye şeyhliği ve nakîbüleşraflık görevleri kendisine verildi. Ardından Meclisü şûra'l-kavânîn ve el-Cem'iyyetü'l-umûmiyye dâimî üyeliğine tayin edildi. Avrupa seyahati dönüşünde İstanbul'da görüştüğü Cemâleddîn-i Efgānî'nin fikir ve görüşlerine hayran kaldı. II. Abdülhamid'i ziyareti sırasında kendisine ilmî vezirlik rütbesi verildi. 1893'te ileri gelen arkadaşlarıyla Mecmau'l-lugati'l-Arabiy'yi kurdu ve bu kurumun başkanlığına seçildi.
İngiliz genel valisi Lord Cromer yüzünden Hidiv Abbas Hilmi ile arası açıldığı için nakîbüleşraflıktan istifa etmek zorunda kaldı (1895). Ancak Osmanlı hükümetinin ve Mısır halkının desteğiyle Mısır'ı İngiliz idaresinden kurtarmak isteyen hidivin takip ettiği siyaset onları birbirine tekrar yaklaştırdı ve Ali Biblâvî'den boşalan nakîbüleşraflığa yeniden getirildi (1903). Bu yakınlaşmadan sonra hidivin siyaseti üzerindeki tesirinin daha da arttığı söylenebilir. II. Abdülhamid'in takip ettiği İslâm birliği siyasetini benimseyen Bekrî, Gaspıralı İsmâil'in teklifiyle 1907 sonlarında Kahire'de Bekriyye mâlikânesinde Milletlerarası Genel İslâm Kongresi'nin teşkili için yapılan toplantıya başkanlık etti ve bu faaliyet içinde aktif görevler yaptı.
Lord Cromer'in yerine İngiliz genel valiliğine tayin edilen Eldon Grost, Abbas Hilmi ile Bekrîler arasındaki münasebetlerin tekrar bozulmasına sebep olunca nakîbüleşraflıktan zorla istifa ettirildi (1911), bir yıl sonra da Beyrut'a sürgüne gönderildi. Hidivin adamları tarafından öldürüleceği vehmine kapıldığı için aklî dengesi bozuldu. On altı yıl Usfûriyye Akıl Hastahanesi'nde kaldı. 1928'de Kahire'ye döndü. 1932 Ağustosunda burada vefat etti.
Muhammed Tevfîk Bekrî 1976'ya kadar Mısır'da yürürlükte kalan tarikatlarla ilgili kanunu düzenledi ve Bekriyye tarikatı şeyhinin meşâyihu't-turukı's-sûfiyye şeyhi olması esasını getirdi. Aynı zamanda klasik Arap şiirinin temsilcisi kabul edilen Bekrî Abbâsîler devri şiirini Arap edebiyatının zirvesi olarak kabul etmiş, klasik edebiyatı yeniden canlandırma yolundaki gayretlerinde bu döneme ayrı bir önem vermiştir.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi