Ankara 13. Ağır Ceza Mahkemesi 1990'lı yıllarında meydana gelen 18 faili meçhul cinayet soruşturmasıyla ilgili hazırlanan ve zanlıları arasında Mehmet Ağar'ın da yer aldığı ek iddianame kabul edildi. Savcının 100 klasörlük delil dosyasında İranlı iki kişinin ölümüyle ilgili Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım'ın hesabına 3 kez para transferi gerçekleştirildiği ve Yıldırım'ın sahte kimliklerle bu parayı çektiği iddiası da yer aldı. Örgütün iç infazlarına da MİT muhbiri Tarık Ümit'in öldürülmesi olayı örnek gösterildi. TMK savcısı Sadık Bayındır tarafından hazırlanan ek iddianamede şu kişilere yönelik faili meçhul cinayet dosyaları da yer aldı: Namık Erdoğan, Metin Vural, Recep Kuzucu, Behçet Cantürk, Savaş Buldan, Hacı Karay, Adnan Yıldırım, İsmail Karaalioğlu, Yusuf Ekinci, Ömer Lütfi Topal, Hikmet Babataş, Medet Serhat, Feyzi Aslan, Lazem Esmaeılı, Asker Smıtko, Tarık Ümit, Salih Aslan ve Faik Candan. Böylece dava Mecit Baskın cinayetiyle birlikte toplam 19 faili meçhul cinayetten üzerinden devam edecek. Cinayetlerle ilgili Ergenekon dosyasından delillere yer verildi. Dönemin Emniyet Müdürü Mehmet Ağar, Korkut Eken, İbrahim Şahin ve 'Yeşil' kod isimli Mahmut Yıldırım'ın da aralarında bulunduğu 19 sanık için 'Suç İşlemek Amacı Kurulan Silahlı Örgüt Teşekkül Faaliyeti Çerçevesinde Adam Öldürmek-Adam Öldürmeye İştirak Etmek" suçlamalarıyla ağırlaştırılmış müebbet hapis istendi. Savcı, Ağar, Eken ve Şahin'i örgütün yöneticisi olarak gösterdi. İddianamede suç işlemek amacı ile oluşturulan silahlı teşekkülün yöneticiliğini Ağar, Şahin, Eken'in yaptıkları belirtildi. Terörle mücadele adı altında yola çıkıp tam bir sorumsuzluk içerisinde hareket ettikleri vurgulandı.