Adalet Bakanlığı, Eminağaoğlu ve Kaçmaz hakkındaki soruşturmanın, "yargı bağımsızlığı ilkeleri'' göz önünde bulundurularak gerçekleştirildiğini belirtti. Açıklamada şikayet sonucu haklarında inceleme yapılan hâkim ve savcı sayısının, toplam hâkim ve savcıların yarısını geçtiği ifade edilirken "Adı geçen savcı ve Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı hakkında 2008'de başlatılan soruşturmanın, güncel olaylarla, özellikle de incelemenin başlamasından çok daha sonra 15 Mayıs 2009'da Cumhurbaşkanımız hakkında Sincan Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı tarafından verilen karar ve 5 Kasım 2009'da Telekomünikasyon İletişim Başkanlığı'ndaki tespit işlemiyle hiçbir ilgisi yoktur" denildi.