CHP yönetimi Paralel Yapı'ya karşı yürütülen operasyonlara karşı çıkarken partinin Ankara Milletvekili Sinan Aygün, kendisini sahte bilgi notu belgesi ile Ergenekon soruşturmasına dahil ettiğini belirttiği terörle mücadele şube müdürlüğü polislerinden şikâyetçi oldu. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na başvuran Aygün, Ergenekon soruşturması kapsamında gözaltına alındığını, evinin aranıp tutuklandığını, yapılan yargılama sonucu mahkûm olduğunu ve bütün bu olanlara İstanbul Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü tarafından 2 Temmuz 2008 günü hazırlanan "Bilgi notu" başlıklı bir belgenin yol açtığını kaydetti. Kim tarafından hazırlandığı belli olmayan ve hakkında mesnetsiz iddiaların yer aldığı belge sebebiyle mağdur olduğunu kaydeden Sinan Aygün dilekçesinde, "Bu metni kaleme alanların tespit edilmesini, mesnetsiz, hayal ürünü itham ve yorumları hangi saikler altında yaptıklarının ortaya çıkarılmasını ve bu suretle eylemlerine uyan suçtan ötürü cezalandırılmalarını talep ederim" dedi. Savcılık Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu da bilgi notu isimli belgeyi hazırlayan polisler hakkında soruşturma başlattı.
