MİT Müsteşarı Fidan'ın Genelkurmay'dan ayrıldığı dakikalarda, karargahdan yaklaşık 50 kilometre uzaktaki Akıncı 4. Ana Jet Üs Komutanlığında darbe hazırlıkları için toplanan 33 Özel Kuvvetler Komutanlığı (ÖKK) personeli Genelkurmay'a doğru otobüsle yola çıktı.
Dönemin Genelkurmay Stratejik Daire Başkanı Tümgeneral Mehmet Dişli, saat 21.00'de makam odasına girdiği Genelkurmay Başkanı Orgeneral Akar'a, "Komutanım operasyon başlıyor, herkesi alacağız, taburlar tugaylar yola çıktı." sözleriyle darbeyi tebliğ etti. Girişimi desteklemeyeceğini belirterek söylenenlere tepki gösteren Akar'ın ağzı ve burnu darbeci askerlerce kapatıldı, elleri plastik kelepçeyle bağlandı.
Karargaha dönen Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Salih Zeki Çolak, beraberindeki Kara Kuvvetleri Kurmay Başkanı Orgeneral İhsan Uyar ve emir subayı Yunus Can, Akıncı Üssü'nden gelen darbeci ÖKK personelince derdest edildi. Çolak'ın koruma astsubayı Piyade Başçavuş Bülent Aydın, olaya müdahale etmeye çalışırken şehit edildi.
Bu sırada darbeci pilotların havalandırdığı uçaklar, Ankara semalarında alçak uçuşa başladı. Polatlı 58. Topçu Er Eğitim Tugayı ve Topçu Füze Okulu, Mamak 28. Mekanize Piyade Tugayı, Beytepe Jandarma Eğitim ve Okullar Komutanlığı, Kara Havacılık Komutanlığı, Harp Okulları Komutanlığı, Etimesgut Zırhlı Birlikler Okulu ve Eğitim Tümen Komutanlığı, Genelkurmay Özel Kuvvetler Komutanlığı ve Cumhurbaşkanlığı Muhafız Alayındaki darbeciler de harekete geçti. Birçok tank, zırhlı personel taşıyıcı ve diğer araçlarla binlerce asker kışlaların dışına çıktı. Kuvvet Komutanlıklarındaki darbeciler de hareketlendi.