- Yargıtay Ceza Genel Kurulu gerekçeli kararında, dosya içeriğine aykırı, hukuki ve bilimsel olmayan iddiaların yer alması, ulusal yargılama sürecinde tarafsızlık ve bağımsızlık ilkesi yerine öncelikle devletin korunması ilkesinin geçerli olduğunu, bu davanın siyasi bir dava haline getirildiğini gösterdi.
- Kararda patlamayı bombaya dayandırırken, dosyadaki bilirkişi raporlarındaki tespitleri değerlendirmedi. Kararda, patlamadan üç yıl sonra Pınar Selek'in tahliyesinin akabinde davanın tarafı olmayan dönemin İçişleri Bakanlığı ve Emniyet Genel Müdürlüğü'nün yasal olmayan müdahaleleri ile yerel mahkemenin talebi olmamasına rağmen 13.04.2001 tarihli yazıyla dosyaya bir şekilde koydukları, yasal delil olarak kabul edilmeyen, imzasız ve tarihsiz rapor gerekçe yapılırken, asıl olay tarihinde inceleme yapan Emniyet Müdürlüğü'ne bağlı bomba uzmanlarının raporları ve bomba uzmanı baş komiserin 05.07.1999 tarihli duruşmada verdiği bomba bulgusu olmadığına dair ifadesi yok sayıldı. Yine aynı kurumların yasal olmayan müdahaleleriyle 'yeni bilirkişi oluşturulması' talepleri doğrultusunda alınan muhalefet şerhli, 04.07.2002 tarihli rapor dikkate alındı.
- Kararda, olay yerinde (bomba olması halinde oluşan) çukurun bulunmayışını, bombanın dondurma dolabının üzerine bırakılmış veya mermerlerin sağlam maddelerden yapılmış olabileceği varsayımına, mahkemede dinlenmemiş bir tanığın 'deniz tarafından patlama gelmiş olabilir' tahmini açıklamasına dayandırıldı. Ancak kararda, bilimsel bir veri sunulmadığı gibi dayandırılan gerekçelerin birbirine tamamen zıt oluşu ve nasıl bir bomba olduğu konularında da bir açıklama yapılamadı.
- Bombaya ilişkin tek bir bulgu olmadığına dair rapor ve tutanaklar ile patlayıcılar konusunda uzman üniversite hocalarının tespitlerinin hiçbiri tartışılmadı.
- İşkence ve kötü muamele konusunda yeterli ve güvenceli inceleme yapılmadığı gibi bu uygulamalar kararda delil kabul edilerek meşrulaştırıldı. Pınar Selek'in adil yargılama hakkı ihlal edildi.
- Yargıtay Ceza Genel Kurulu, ifade tutanaklarının birbiriyle ve dosyadaki maddi olgularla çelişkili oluşları ve sanıklar tarafından duruşmalarda kabul edilmeyişleri hususları ile işkence yakınmalarına hiç değinmedi, bu hususları neden kabul etmediğini tartışmadı.
- Abdulmecit Öztürk'ün soruşturma aşamasındaki işkenceli, avukat yardımından faydalanılmadan alınan 'Mısır Çarşısı'nı Pınar ile birlikte yaptık,' şeklindeki ifadesi kararda, Mısır Çarşısı suçlaması ile Pınar Selek arasında doğrudan kurulan tek bağ. Oysa soruşturmanın hiçbir aşamasında avukat yardımından faydalandırılmayan Öztürk'ün savcılık aşamasında önce reddettiği 15 dakika sonra tekrar kabul etmek zorunda kaldığı, Emniyet Müdürlüğü'nde hazırlanan ek ifade tutanağında savcılığın imzasının olmayışı, savcının imzalayacağı yerlerin bu tutanağı hazırlayanlar tarafından işaretlenmiş olması, sanığın hangi koşullarda ifadesinin alındığını, ağır bir suçlamayı reddetmesine bile izin verilmediğini ortaya koyuyor. Ancak Yargıtay, hukuken geçersiz olan bu ifade tutanağını geçerli kabul etti, bu konudaki itirazları hiç tartışmadı ve Öztürk'ün duruşma aşamasındaki özgür iradesiyle verdiği savunmalarını, Pınar'ı tanımadığına ilişkin açıklamalarını yok saydı.
- Kararda ayrıca, Abdulmecit Öztürk hakkında da açıklama yapılmış ve 'kazanılmış hakkı olduğu' belirtilmiştir. Böylece Öztürk hakkında aleyhte temyiz yapılmadığından, Mısır Çarşısı patlamasına ilişkin verilen beraat kararı kesinleşti. Sonuçta, "Mısır Çarşısını birlikte yaptık," diyenin beraatı kesinleşirken, bu konuda hiç ifadesi olmayan Pınar Selek hakkında o ifadeye dayanarak 'ağır müebbet hapis cezası' istendi.
