Selçuklular döneminde bu bölge Gurgurum adıyla bilinirdi. Osmanlılar bu ismi hem bir bölge adı (nahiye) hem de bir köyün adı (bazan yanlış olarak Ararım) şeklinde korudular. Seydişehir'in bugün bulunduğu yerde antik döneme inen bir yerleşme yeri mevcut değildir. Burasının XIV. yüzyıl başlarında Horasan'dan gelen Seyyid Hârun tarafından kurulduğu rivayet edilir. Onun ölümünden sonra yazılan menâkıbnâmesine göre Seyyid Hârun, Küpe dağının eteklerinde sulak bir vadiye gelmiş, Selçuklular devrinde tamamen harabe durumunda olan Elite (Vervelid) şehri yıkıntılarına yakın bir yerde yerleşmiştir. Eşrefoğlu Mübârizüddin Mehmed Bey bunu duyunca oraya giderek Seyyid Hârun ile tanışmış ve onun kurmakta olduğu cami, zâviye, medrese, imaret gibi binaların inşasını vakıflarla desteklemiş, böylece yeni bir şehrin ortaya çıkışı sağlanmıştır. Menâkıbnâmedeki bu bilgilerin doğru olup olmadığı bilinmemekle beraber burasının Seyyid Hârun Külliyesi etrafında geliştiği ve kasaba haline geldiği söylenebilir. Seydişehir daha sonra Hamîdoğulları'nın eline geçti ve Osmanlı kaynaklarına göre I. Murad zamanında Hamîdoğlu tarafından Osmanlılar'a terkedildi (784/1382). Fakat ardından Karamanlılar'ca alındı ve daha sonra Turgutoğlu Rüstem Bey'in kontrolüne girdi. Fâtih Sultan Mehmed'in Karaman Beyliği'ni ortadan kaldırmasının ardından burada kesin olarak Osmanlı idaresi kuruldu. Nitekim 1476 tarihli tahrir kaydına göre Karaman'a bağlı kazalar içinde Seydişehir'in adı da geçer. 886 (1481) tahririnde burası Beyşehir livâsına bağlı bir kaza diye zikredilir. Seydişehir, Osmanlı belgelerinde çoğunlukla Beyşehir sancağına bağlı olan Göçü, Kıreli, Cezîre, Yenişehir (Yenişarbademli), Kaşaklı, Yağan ve Yaylasun nahiyelerinin yanında geçer. II. Bayezid'in oğlu Şehzade Şehinşah ve onun oğlu Mehmed Bey'in buralarda faaliyetlerde bulundukları belgelerden anlaşılır.
Şehir merkezi XVI. yüzyıl boyunca dokuz ile on bir arasında değişen mahallelerden oluşmuştur. Bunlar Cami (Câmi-i Kebîr), Hacı Mustafa, Sofular (Sûfiyân), Değirmencioğlu (Veled-i Değirmenci), Ulukapı, Debbâgīn (Tabaklar), Bazarkapısı, Kiçikapı, Hacı Seydi Ali, Kızılca (Kızılcalar) ve Çetni'dir (Birunî). Ayrıca Seyyid Hârûn-ı Velî ve Ahmed-i Alâî'ye bağlı oldukları belirtilen bir cemaat kayıtlarda zikredilir. Kızılca mahallesi XVI. yüzyılın ikinci yarısında civardaki köylerden gelen göçler sonucu oluşmuştur. Şehrin nüfusu bu yüzyılda 226 hâne ile 490 hâne arasında (yaklaşık 1200 ile 2500 kişi) değişmiştir. Anabağlar, Pınarbaşı, Stat, Aktaş, Karakavak, Saadetler ve Bahçelievler mahalleleri XX. yüzyılda kuruldu. XVI. yüzyıl sonlarına kadar müsellem, ortakçı, yörük, haymana, sayyâd, bâzdâr, derbendci gibi çeşitli yükümlülükleri bulunan gruplar Seydişehir ve ona bağlı yerlerde görev yaptılar. Seydişehir XVI. yüzyılda Karaman vilâyetinin orta nüfuslu şehirleri arasında yer alır. 1530 tarihli bir sayıma göre kazada beş cami, sekiz mescid, bir medrese, on sekiz zâviye, bir hamam, dokuz dükkân, bir kervansaray, bir fırın, on su değirmeni, bir yaylak, bir "bazargâh", yüz köy, on yedi mezraa, üç cemaat ve kırk bir çiftlik bulunmaktaydı. 979'dan (1571) sonra hem şehir merkezinden hem de köylerinden müslüman aileler Kıbrıs adasına yerleştirildi.
XVII. yüzyıl başlarında şehir Celâlî Emîr Şâhî, Dağlar Delisi, Deli İlâhî, Dereli Halil, Kara Haydaroğlu, Katırcıoğlu gibi zorbalarca tahrip edildi. Kâtib Çelebi şehrin göl (suğla), balık, meşe, bağ ve bahçelerinden söz eder; şehirde dokunan yünlü ve pamuklu kumaşların İstanbul'a gönderildiği belirtilir. Bu bölge ve şehir Alanya ve İçel bölgesinden gelen yarı göçebe cemaatlerin yaylağı konumundaydı. XVIII. yüzyıl başlarında Seydişehir, Yeni Dünya adlı bir eşkıyanın baskınına uğradı. 1789'da Bozkır maden eminleri Seydişehir halkını zorla madenlerde çalıştırdıkları için şehir ileri gelenlerince merkeze şikâyet edildi. 1871'de şehirde belediye kuruldu ve redif taburu yerleştirildi. 1908'de Rehber-i Meşrûtiyyet ve Numûne-i Terakkî-i İnâs adıyla erkek ve kız öğrenciler için iki okul açıldı. 1317 (1899) yılı salnâmesine göre Seydişehir'de 3147 kişi (1250 hâne) yaşamaktaydı. Kaza nüfusu doksan üçü gayri müslim 16.579'du. XX. yüzyıla bu şekilde giren Seydişehir 1913 salnâmesinde 152 dükkân, bir mağaza, üç han ve bir aşhanenin bulunduğu 500 hâneli küçük bir kasaba olarak anılır. Millî Mücadele yıllarında burayı etkisine alan Delibaş isyanı Refet Paşa (Bele) tarafından Ekim 1920'de bastırıldı.
Önemli tarihî eserleri şehrin güney kesiminde Seyyid Hârun Külliyesi (XIV. yüzyıl), Muallimhâne Camii ve Türbesi (936/1529), Sofuhâne Camii, Türbe Camii, Alaylar Camii, Aşağı Mahalle Camii, Küçük Mescid, Şeref Şirin Mescidi, Samanpazarı Camii, Hüdâverdi Camii, Kızılcalar Camii'dir. Ayrıca Seyyid Hârun Türbesi, Şeyh Mehmed Emin Türbesi, Hacı Yûsuf Efendi Türbesi, Alâiyeli Türbesi, Şeyh Abdullah Efendi Türbesi bulunmaktadır. Şehirde on birden fazla çeşme ve altı mezarlık mevcuttur. Seydişehir'in Cumhuriyet'in ilk yıllarında 3779 kişiden ibaret olan nüfusu (1927 sayımı) giderek gelişme gösterdi. 1972'den itibaren işletmeye açılan Seydişehir Etibank Alüminyum Tesisleri hem şehre hem çevresine canlılık getirdi ve şehir nüfusunun artmasında çok önemli bir rol oynadı. Nüfusu 1975'te 25.000'i (25.651), 1980'de 30.000'i (30.065), 1990'da 40.000'i (42.737) aştı. 2000 nüfus sayımında 50.000'e yaklaşmışken (48.372) 2007 sayımında 37.763'e düştü.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ