Geçmişi hakkında herhangi bir resmi bilgi bulunmayan Ebubekir El Bağdadi, 1971'de Irak'ın Samarra kentinde doğdu. Asıl adı İbrahim Avvad İbrahim Ali el-Bedri. Bağdat'taki bir üniversitede İslami Bilimler alanında doktora yaptı ve burada öğretim görevlisi olarak çalıştı. ABD'nin 2003'te Irak işgali sırasında bir camide din görevlisi olarak çalışıyordu. Irak direnişine destek verdiği için 2004'te tutuklandı. 5 yıl Bağdat'taki askeri cezaevinde ABD'nin gözetiminde tutuldu. Bağdadi'nin kampta tutulduğu dönem gizemini korumaya devam ediyor. Gizliliğe büyük önem verdiği bilinen Bağdadi'nin, kendi komutanlarıyla görüştüğü sırada bile maske taktığı ileri sürülüyor.