Fenerbahçe'de Alper Potuk kadro dışı bırakıldı. Transfer olduğu dönemde Galatasaray'ın KAP'a bildirdiği Alper, Fenerbahçe tercihi ile herkesi şaşırtmıştı. Transferin bu şekilde gerçekleşmesi sonrası Fenerbahçe taraftarı Alper'i hemen kabullenmişti.
2013-14 sezonunda tam 7.25 milyon Euro'ya transfer edilen Alper Potuk, bir türlü beklentileri karşılayamadı. Alper, inişli çıkışlı performansıyla hiçbir zaman ilk 11'in değişmezi olamadı. Milli futbolcu, Fenerbahçe için çoğu zaman rotasyon oyuncusu konumundaydı.
8 numara olarak başladığı Fenerbahçe kariyerinde daha sonra sol açık olarak oynatılan Alper Potuk, belki de yokluktan dolayı son olarak forvet bölgesinde oynamaya başladı.
İlk olarak Aykut Kocaman'ın forvette şans verdiği Alper Potuk, bu sezon Vedat Muriqi'nin sakatlığı nedeniyle Yeni Malatyaspor maçında Ersun Yanal tarafından forvette oynatıldı. Karşılaşmada varlık gösteremeyen Alper 71 dakika sahada kalırken taraftarların tepkisini çekti.
Sezon başında aldığı ücreti yüzde 40 oranında düşüren Alper, Fenerbahçe'den 1.2 milyon Euro kazanmaya başladı. Alper'in bu davranışı alkış toplasa da gösterdiği performans işleri tekrar eski haline çevirdi ve milli futbolcu Fenerbahçe'de gözden çıkarıldı.
Devre arası transfer döneminde takımdan ayrılmasına kesin gözüyle bakılan Alper Potuk'un ismi Anadolu kulüpleri ile anılıyordu. Alper ile ilgilenen takımlar başta Çaykur Rizespor olmak üzere Göztepe ve Sivasspor'du...
Takımdan ayrılmayı kabul eden Alper, İstanbul dışında forma giymek istemedi. Milliyet'in haberine göre alacakları karşısında sözleşmesinin feshedilmesi kabul edilen Alper için, 'Galatasaray, Beşiktaş, Trabzonspor ve Başakşehir'e gidemez' maddesi konuldu.
Alper Potuk'u isteyen bir başkta takım da Sivasspor'du. Ancak Fenerbahçe, şampiyonluk yolunda rakip olarak gördüğü Sivasspor'un da bu transferi gerçekleştirmesini istemedi.
Alper'in yalnızca Rizespor ve Karabağ'a gitmesine izin veren Fenerbahçe, milli futbolcunun İstanbul dışına çıkmak istememesi nedeniyle oyuncuyu gönderemedi.
Bu gelişme üzerine Alper takımda kaldı ve 28 yaşındaki futbolcu TFF listesine yazılmadı. Alper, antrenmanlarını takımdan ayrı sürdürecek ve sezon sonunda takımdan ayrılacak.
