İskilip'te dünyaya geldi. Babası, Şeyhülislâm Ebüssuûd Efendi'nin amcası Nebî Efendi'dir. İlmiyeye mensup bir aileden geldiği için kendisine Çelebi denmiş,ayrıca birçok yerde görev yapmış olması sebebiyle de "Ca'fer-i Tayyâr" lakabıyla anılmıştır.
Küçük yaşta İstanbul'a giderek tahsile başladı. Şücâüddîn-i Rûmî ve Fenârîzâde Muhyiddin Efendi gibi devrin tanınmış âlimlerinden ders okudu. Önce muîd, daha sonra 1519 yılında mülâzım oldu.
İlk önce 20 akçe maaşla Amasya'da Mehmed Paşa Medresesi'ne müderris tayin edildi. Bu sırada burada sancak beyi olan Şehzade Ahmed'e intisap etti ve şehzadenin yakın dostları arasına girdi. Daha sonra 30 akçe ile Akşehir'de Atabeg Medresesi'ne, 40 akçe ile Merzifon'daki Çelebi Sultan Mehmed Medresesi müderrisliğine getirildi. Şeyhülislâm Ebüssuûd Efendi'nin Rumeli kazaskerliğine tayini üzerine onun yerine Efdalzâde Medresesi'ne nakledildi. 1537'de 45 akçe ile Atik Ali Paşa Medresesi'ne, 1547'de terfi ederek Manisa müftülüğüne tayin edildi. Bir ara Sultan II. Selim'e muallimlik yaptı. Aynı yıl Sahn-ı Semân Medresesi'ne, 1550 yılında Edirne II. Bayezid Medresesi müderrisliğine getirildi. Ocak 1551'de Şam kadılığına tayin edildi. Altı ay bu görevde kaldıktan sonra Anadolu kazaskerliğine terfi ettirildi. 1556'da günlük 150 akçe ulûfe ile emekli oldu. Ömrünün son zamanlarını Üsküdar'daki evinde ibadetle ve ilmî çalışmalarla geçirdi. Yine bu sırada hacca giden Câfer Çelebi Rebîülevvel 978'de (Ağustos 1570) seksen yaşlarında vefat etti ve vasiyeti üzerine şeyhi Muslihiddîn-i Sirozî'nin Eyüp'te Cezerî Kasım Paşa Camii hazîresinde bulunan kabri yanına defnedildi.
Devrinin tanınmış âlimlerinden olan Câfer Çelebi memuriyeti sırasında hediye dahi kabul etmeyecek kadar dürüst davranmıştır. Birçok vakıf kurmuş, bunlara çeşitli gelirler tahsis etmiştir. 12 Muharrem 977 (27 Haziran 1569) tarihli bir vakfiye de bu durumu göstermektedir (VGMA, İstanbul-Hâmis, nr. 574, s. 59-61). Şam kadılığına tayin edilince kendisini bu göreve lâyık görmemiş, ısrar üzerine görev yerine gitmişti. Üsküdar'daki bahçesini satarak bir cami yaptırmıştır. İskilip'te Yenicami diye bilinen ahşap tek kubbeli cami onun vakfıdır. Ayrıca bu cami yanında bir medresesi bulunmaktaydı. İskilip ilçesinin Şeyhler, Çukurköy, Yaka (Tepe), Çobanlı ve Gündoğmuş köylerinde çeşitli arazilerle değirmenlerinin ve bahçelerinin gelirlerini de vakıflarına tahsis etmiştir.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi