Aslen Kastamonulu olup İstanbul'da doğdu (Ḥâşiye ʿalâ Şerḥi'l-Miftâḥ, vr. 155a). Bâlî Efendi adında bir mahalle imamının oğludur. Eserlerinde künyesini Mustafa b. Bâlî b. Süleyman el-İstanbûlî şeklinde verir. İlk tahsilini tamamladıktan sonra Şeyhülislâm Hocazâde Mehmed Efendi'ye intisap ederek ondan mülâzım oldu. Ardından müderrisliğe geçti ve Cemâziyelâhir 1025'te (Haziran-Temmuz 1016) Sitti Hatun, Muharrem 1029'da (Aralık 1619) Mesih Paşa, Safer 1030'da (Ocak 1621) İbrâhim Paşa-yı Atîk, Şâban 1030'da (Temmuz 1621) Osman Paşa, Şâban 1032'de (Haziran 1623) Ayşe Sultan medreselerine, Cemâziyelevvel 1033'te (Mart 1624) Sahn-ı Semân medreselerinden birine, Cemâziyelâhir 1035'te (Mart 1626) Edirne Sultan Bayezid Medresesi'ne müderris oldu. Rebîülevvel 1037'de (Kasım 1627) azledildi ve yeni bir görev için üç yıl kadar bekledi. Zilkade 1040'ta (Haziran 1631) Hâkāniyye-i Vefâ Medresesi'ne gönderildi.
Bundan sonra kadılığa geçti. Rebîülevvel 1042'de (Eylül-Ekim 1632) Muharrem 1043'ten (Temmuz 1633) başlamak üzere (tevkit) Medine kadısı oldu ve iki yıl burada görevde kaldı. Resmî hizmet süresini tamamlayınca İstanbul'a döndü (Muharrem 1045 / Temmuz 1635). Dört yıl herhangi bir vazife alamadı. Muharrem 1049'da (Mayıs 1639) Üsküdar kadılığına getirildi. Bu görevi iki yıl sürdü, Rebîülevvel 1051'de (Haziran 1641) mâzul olup Mudurnu kazası arpalık olarak tahsis edildi. Rebîülevvel 1057'de (Nisan 1647) Bursa kadılığı pâyesiyle Galata kadılığına getirildi. Beş ay sonra azledildi. Rebîülevvel 1058'de (Nisan 1648) Çivizâde Şeyh Mehmed Efendi'nin yerine Rumeli kazaskeri olduysa da üç ay içinde emekliye ayrıldı, kendisine tahsis edilen arpalıklarıyla geçindi. Ramazan 1062'de (Ağustos 1652) Hocazâde Mesud Efendi'nin yerine Anadolu kazaskerliğine getirildi. Muharrem 1063'te (Aralık 1652) görevden ayrıldı (Karaçelebizâde Abdülaziz Efendi, s. 117, 145) ve kendisine çeşitli arpalıklar tahsis edildi.
Mustafa Efendi, 3 Safer 1067'de (21 Kasım 1656) Hanefî Mehmed Efendi'nin yerine şeyhülislâm oldu (Vecîhî Hasan, s. 146; Naîmâ, VI, 230). Kaynaklarda karakteri ve idarî tasarrufları hakkında umumiyetle rakiplerinden aktarılan ağır ithamlara yer verilmekle birlikte (Karaçelebizâde Abdülaziz Efendi, s. 291-292) altı ay gibi kısa bir süre sonra (9 Şâban 1067 / 23 Mayıs 1657) şeyhülislâmlıktan alınmasının ardında köklü ıslahata girişen Vezîriâzam Köprülü Mehmed Paşa'nın icraatına ayak uyduramamasının yattığı anlaşılmaktadır. Bunda Köprülü Mehmed Paşa'nın himaye ettiği Bolevî Mustafa Efendi'yi bu göreve getirmek istemesinin de rolü vardır. Azlinden sonra kendisine Filibe kazası arpalık verilip bizzat oraya gitmesi emredilmişti. Galata kadılığına tayin edilerek on gün kadar bu görevde kalan oğlunun da onunla beraber gitmesi ferman olundu (a.g.e., s. 303). Zilhicce 1067'de (Eylül 1657) kendisine Filibe kazası yerine Yanbolu ile (a.g.e., s. 333) Nevâhî kazaları tahsis edildi. Muharrem 1069'da (Ekim 1658) arpalıkları Gümülcine ve Vize kazalarına çevrildi. Receb 1072'de (Mart 1662) arpalık olarak yeniden Ayıntab kazası verildi. 1073 Cemâziyelevvelinde (Aralık 1662) vefat etti. Sütlüce'de medfun olup mezarı kaybolmuştur. Mustafa Efendi'nin rakibi olan Karaçelebizâde Abdülaziz Efendi'nin onun hakkında yazdıkları sonraki tarihçileri de etkilemiş, aradaki bu çekişmeyi göz ardı eden Naîmâ, azil bahsinde ilmiye tarikının usul ve merasimine riayet etmeyip lâubalimeşrep olması, ulemâda bulunması gereken vakar ve metanetten yoksun olması, görevlerin tevcihinde çok yanlış davranması gibi konuları öne çıkarmıştır.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi