1954'te yıktırılan medrese, eskiden şehrin Divanyolu olarak adlandırılan ana caddesi kenarında Şehzade Camii karşısında, günümüzde (1994) belediye sarayı olarak kullanılan binanın havuzu ve otoparkına girişinin olduğu yerde bulunuyordu.
Mehmed Süreyyâ'nın bildirdiğine göre medresenin kurucusu, 997'de (1588-89) doğan, İstanbul kadısı, Anadolu kazaskeri, Rumeli kazaskeri, Galata kadısı olduktan sonra reîsülulemâ unvanını alan ve 1063'te (1653) vefat eden Ebülfazl Mahmud Efendi'dir. Ebülfazl, Osmanlı tarihinin büyük ailelerinden Karaçelebizâdeler'e mensup olduğuna göre Şeyhülislâm Abdülaziz Efendi'nin yakınıdır.
Medresede yapım tarihini veren bir kitâbe yoktu. Ayvansarâyî, Mahmud Efendi'nin vefat ettiğinde Burmalı Mescid yakınında bulunan kendi dershanesine defnedildiğini bildirir. Medresenin inşaatının bitirilip 1056 yılı Şevvalinde (Kasım 1646) öğretime açıldığı Şeyhî'den öğrenilmektedir. Ebülfazl Mahmud Efendi Medresesi 1894 zelzelesinde oldukça zarar görmüş, Direklerarası caddesi tramvay hatlarına yer açmak için genişletilirken medresenin cadde kenarındaki kısmı dışında yer alan dükkânlar kaldırılmıştır. 1914 yılında kadro dışı olduğu belirtilen medresenin o sırada on bir hücresinin bulunduğu kaydedildiği gibi mevcut durumu da şu satırlarla ifade edilmekteydi: "Nısfından fazlası ve cadde tarafı kâmilen münhedim ve arkada birkaç oda ile bir dershanesi kalmış ise de mesdûd ve mâil-i inhidâm bir halde olduğundan iğretiye alınarak öylece muhafaza edildiği gibi müştemilât-ı sâiresinin ekser kısmı münhedim olduğu ve havlisi de bi't-tabi' daraldığı cihetle hâl-i hâzıriyle talebe iskânı tehlikeli ve medrese esasen çarşı mahallinde bulunduğundan yeniden inşası da pek muvafık olmamak gerektir".
Aynı kaynakta belirtildiğine göre 1918'de yazılan bir başka notta ise medresenin harap halde bulunduğu ve bazı yoksul kişiler tarafından işgal edilmiş olduğu belirtilmektedir. Bazı eski fotoğraflar, bu medresenin cadde üzerindeki giriş cephesini ve içinde revaklarını gösterir. Resimlerin çekildiği sırada dükkânlar kalkmışsa da giriş cephesi kemerli kapısı ile henüz sağlam halde idi. Avlu fotoğrafında ise revakların sütunları ile ayakta olduğu görülür. 1930'dan sonraki yıllarda revakların bütün kubbe, kemer ve sütunları ortadan kalktığı gibi cadde üzerindeki gösterişli giriş ve duvar da yok olmuştu. Ebülfazl Mahmud Efendi Medresesi'nin ana caddedeki perişan hali gözleri rahatsız ettiğinden o sırada belediye tarafından istimlâk edilmesi, hatta başka bir yere taşınması da teklif edilmiştir.
Yeni belediye sarayının medresenin yakınında inşası kararlaştırıldıktan sonra sarayın yükseleceği yerde olmamasına rağmen 1954 yılı yazında medrese tamamen yıktırılmış, yıkımın durdurulması yolundaki yayınlardan rahatsız olan ilgililer, yok ettikleri binanın enkazını da ancak iki yıl sonra 1956 Mayısında kaldırmışlardır.
Medresenin bânisi Mahmud Efendi'nin türbesi dershanenin yan cephesine bitişik olarak sonradan yapılmıştı. Silindir biçiminde basit bir taşın üstündeki kitâbesinde şu ibare vardı: "Hüve'l-bâkī / Sâhibü'l-hayrât ve'l-hasenât sâbıkan Rumeli kādîaskeri merhum ve mağfûrun leh Karaçelebizâde Ebülfazl Mahmud Efendi rûhiyçün el-Fâtiha / 1063." Medrese yıktırılırken sökülen bu mezar taşının Şehzade Camii hazîresine taşındığı söylenmişse de bütün aramalara rağmen bulunamamıştır.
Bu türbenin yanına, bir cephesindeki iki sıra pencereden ışık alan bir mekân daha eklenmiş, daha sonra buna bir de hol ilâve edilmişti. Bu kısmın bir sıbyan mektebi olduğu anlaşılmaktadır. Esasen önünden geçen sokak da Mahmud Efendi Mektebi sokağı olarak adlandırılmıştı.
Medresenin bütünü ihya edilmese bile en azından yalnız dershane kısmı korunarak restore edilebilir ve muhteşem malakârî nakışları ile yaşatılabilirdi. Bu medresenin tamamıyla ortadan kaldırılması gerek şehir tarihi gerekse Türk sanatı bakımından büyük bir kayıptır.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi