İlk ve orta okulu Silifke ve İçel'de, liseyi Ankara'da okudu. 1949'da açıldığında kaydolduğu Ankara Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi'nden 1953'te birincilikle mezun oldu. Ankara İmam-Hatip Lisesi'nde on ay kadar öğretmenlik yaptıktan sonra 1954'te mezunu olduğu fakültede Yusuf Ziya Yörükân'ın başında bulunduğu İslâm Mezhepleri Tarihi Kürsüsü'nde asistan olarak göreve başladı. 1958'de "İslâmiyet'te İtikadî Mezheplerin Doğuşu" başlıklı teziyle doktorasını tamamladı.
Şubat 1959'da Arap dili ve edebiyatı üzerine ihtisas yapmak için bir yıl süreyle Bağdat'a gitti. Dönemin Türk hükümeti Musul bölgesinde tampon bir Türk devleti kurmak istiyordu. Irak ordusunda görev yapan Türk asıllı albay Nazmi Tabakçalı bu amaçla emrindeki askerlerle Irak hükümetine karşı bir darbe yapmayı planlamıştı. Bunu haber alan Irak hükümeti albayı ve emrindeki askerleri öldürdü. Olayın ardından Irak'taki gelişmelerin aslını öğrenmek isteyen Türk hükümeti güvenilir bir kişi olarak Yaşar Kutluay ile temas kurdu. Kutluay, Irak'ta edindiği üst düzeyde dostları sayesinde Türk hükümetine önemli bilgiler ulaştırdı; ancak bu husus anlaşılınca Haziran 1959'da Türkiye'ye dönmek zorunda kaldı.
1960-1961 yıllarında Hüseyin Atay'la birlikte Kur'ân-ı Kerîm meâli hazırladı. 1961'de İbrânîce öğrenmek için gittiği Kudüs İbrânî Üniversitesi'nde İbrânîce öğreniminin yanı sıra Yahudilik üzerine araştırmalarda bulundu. 1964'te "İslâm Mezhepleri ile Yahudi Mezhepleri ve Mukayeseleri" adlı tez çalışmasıyla doçent oldu. Aynı yıl Konya Yüksek İslâm Enstitüsü'nde İslâm dini ve mezhepleri tarihi öğretmenliğine tayin edildi. Aralık 1966'da bilimsel araştırmalar yapmak amacıyla bir yıl süreyle İngiltere'ye gitti. Burada kendi çalışmaları dışında, dillerini ve geleneklerini unutmaya başlamış olan Kıbrıslı Türkler'in millî bilincini uyandırmak gayesiyle çeşitli faaliyetlerde bulundu. Aynı dönemde siyonizm konusuyla da ilgilenen Kutluay, bir yahudi devleti kurma fikrini ortaya atan siyonist lideri Theodor Herzl'in (ö. 1904) hâtıratını okudu. Türkiye'ye dönünce hâtıratın Osmanlı Türkiyesi'yle ilgili bölümlerini Türkçe'ye çevirerek Siyonizm ve Türkiye adıyla yayımladı. Bu kitabı hazırlama aşamasında İsrail Büyükelçiliği'nin dikkatini üstüne çeken Kutluay baskılara rağmen kitabı yayımlamaktan vazgeçmedi. 1969'da profesörlük için yeni bir eser üzerinde çalıştığı sırada bayram vesilesiyle gittiği Silifke'de 12 Aralık sabahı altı arkadaşıyla birlikte bir balıkçı motoruyla çıktığı Akdeniz gezisinden bir daha geri dönmedi. Ailesi, günlerce süren aramalara rağmen tekneye ve cesetlere dair herhangi bir iz bulunamayınca olayın basit bir tekne kazası olamayacağına inandı. Altı ay sonra bulunan teknede yapılan incelemeler de geride birçok soru bıraktı. Türkiye'nin yetiştirdiği önemli akademisyenlerden biri olan Yaşar Kutluay'ın ölümü Türk üniversiteleri ve toplumu için büyük bir kayıp olarak değerlendirilmiştir.
Yaşar Kutluay'ın kendi alanına yaptığı katkıların başında çalışmalarında kullandığı karşılaştırma metodu gelmektedir. Din ve mezheplere (milel-nihal) dair kitapların objektif bakış açısıyla yazılmadığına dikkat çeken Kutluay, bu eserlerin aynı dönemde yazılmış başka alanlardaki eserlerle karşılaştırılarak okunmasının gerektiğini ifade etmiş ve kaynakları bu metot doğrultusunda kullanmıştır. Kaynak tenkidi konusunda son derece titiz davranmış, mezhepler tarihi alanında en güvenilir kaynak olarak Şehristânî'nin eserini göstermiştir. Hz. Peygamber döneminde müslümanlar arasında herhangi bir ayrılığın ortaya çıkmamış olmasından hareketle, mezheplere dair hadislerin sonraki devirlerde görülen mezhep kavgalarından doğduğunu belirtmiştir. Kelâmî tartışmaları ve mezhep cereyanlarının hıristiyan kaynaklı olduğu iddiasını kabul etmemiş, bunun asıl sebebinin İslâm toplumunun yapısı ile Kur'ân-ı Kerîm'in ortaya koyduğu tefekkür hürriyetine dayanan yeni bir zihniyetten kaynaklandığını söylemiştir. Kur'an'a başvuranların kendi görüşlerini destekleyecek fikirler bulması mümkün olduğu gibi mezhepler de görüşlerini destekleyen âyetler bulmakta zorlanmamıştır. Ancak Kutluay'ın kendi yazılarına bakıldığında normatif denebilecek bir bakış açısıyla karşılaşılmaktadır. Ehl-i sünnet'i esas kabul eden ve Hâricîlik'le Şîa'yı ilk tefrika hareketleri şeklinde değerlendiren Kutluay'ın Ehl-i sünnet karşıtlarının müteşâbih âyetlerden hareketle fikirlerini savundukları yönündeki görüşü bu çizgiyi ortaya koymaktadır.
Türkiye'de yürütülen misyonerlik faaliyetleri üzerinde de duran Yaşar Kutluay, misyonerlerin ülkede dinî eğitim görmemiş gençleri, aydınları ve köylü halkı hedef aldıklarını ileri sürmüş, buna karşı tedbir alınması gerektiğini belirtmiştir. Bu bağlamda müslüman din adamları Yahudilik ve Hıristiyanlık hakkında bilgilendirilmeli, her iki dinle İslâmiyet arasındaki münasebetler tesbit edilerek değerlendirilmelidir. Ayrıca İslâm'ın ilk dönemlerinde mezheplerin iktidar için dini istismar ettiklerine, modern çağda ise Batılı devletlerin İslâm mezhep ayrılıklarını kendi yararları için kullandıklarına dikkat çekmiş, müslüman toplumların dinin siyasete alet edilmesinden dolayı sıkıntı yaşadığını ifade etmiştir. Kutluay toplumdaki hurafelerle de mücadele etmek gerektiğini, bunun için iyi bir din eğitiminin şart olduğunu dile getirmiştir. Çeşitli yazılarında ideal müslüman kimliği üzerinde de durmuş, iman esaslarını kabul eden kimsenin Müslümanlığın sadece asgari yönünü yerine getirdiğini, ahlâkî alanı ilgilendiren asıl yükümlülüğün daha sonra başladığını, bunun da diğer insanlara karşı sorumluluklarını yerine getirmekle gerçekleşeceğini söylemiştir.
Eserleri. 1. İslâmiyet'te İtikadi Mezheplerin Doğuşu (Ankara 1959). Doktora tezi olarak hazırlanan, siyasî ve itikadî mezheplerin iki ayrı bölüm halinde incelendiği bu çalışma İslâm mezheplerinin tahlil edildiği bir mezhepler tarihine giriş niteliği taşımaktadır. 2. Kur'ân-ı Kerim ve Türkçe Anlamı (meâl, Ankara 1961, Hüseyin Atay'la birlikte). Meâlin basımı bir süre durdurulmuş, daha sonra çeşitli baskıları yapılmıştır (1965-1967, 1973, 1981, 1984, 1985). 3. İslâm ve Yahudi Mezhepleri (Ankara 1965, 1985; İstanbul 2001, 2004). Yazarın doçentlik çalışması olan eserde, başlangıcından modern döneme kadar ortaya çıkan İslâm ve yahudi mezhepleri ele alınmakta, son bölümde nübüvvet, mehdî-mesîh, rec'at ve hulûlle ilgili olarak Şiî-gulât fırkalarla yahudi mezhepleri arasındaki benzerlikler üzerinde durulmaktadır. 4. Siyonizm ve Türkiye (İstanbul 1967). 5. Tarihte ve Günümüzde İslâm Mezhepleri (Konya 1968). Eserde tarihî süreçle bu süreci etkileyen dinî, siyasî, sosyal ve yerel faktörler tahlil edilmektedir.
Tercüme ve Neşir: İslâm Düşüncesi ve Tarihteki Yeri (Ankara 1959, 1971, Hüseyin Yurdaydın'la birlikte; De Lacy O'Leary'nin Arabic Thought and Its Place in History [1922] adlı eserinin çevirisidir); İslâm'da Felsefe Tarihi (Ankara 1960, 1963, 2000; T. J. de Boer'in Geschichte der Philosophie im Islam [1901] adlı kitabının Muhammed Ebû Rîde tarafından yapılan Arapça tercümesinden çeviridir); Sapıklarla Dinsizlerin Çeşitli Mezhepleri: el-Fıraḳu'l-müfteriḳa beyne ehli'z-zeyġ ve'z-zendeḳa (Ebû Muhammed Osman b. Abdullah b. Hasan el-Irâkī el-Hanefî'ye ait eserin önce ilmî neşri yapılmış [Ankara 1961], ardından Türkçe'ye çevrilmiştir, Ankara 1962). Kutluay'ın "Yusuf Ziya Yörükân'ın Makaleleri" (AÜİFD, III/1-2 [1954], s. 93-95), "Mezhepler Tarihi Yönünden Said Nursi ve Nurculuk" (İTED, III/3-4 [1959-1960], s. 211-226; ayrı basım, İstanbul 1966), "İbâdîlere Ait Bazı Metinler" (AÜİFD, XV [1967], s. 141-149), "Yahudi Milliyetçiliğinden Alacağımız Dersler" (TY, VII/1-2 [1968], s. 343-344), "Okullarda Din Eğitimi ve İmam-Hatip Okulları" (Devlet Mecmuası, Ankara 21 Nisan 1969) adıyla bazı makaleleri de yayımlanmıştır.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ