Profesyonel futbol kariyerine Bundesliga ekiplerinden Stuttgart formasıyla Hamburg karşısında 2003 senesinde başladı.
Bayern Münih'in 35 milyon Euro transfer bedeli ödediği golcü futbolcu, Bundesliga tarihinde en yüksek bonservis bedeli ödenen ilk isim oldu.
Bayern Münih formasıyla 2013'de UEFA Şampiyonlar Ligi şampiyonluğu yaşayan Gomez, 2009-2010 ve 2012-2013 sezonlarında Bundesliga şampiyonluğu da yaşadı.