Ergenekon operasyonu hükümet dışındaki tüm sivil ve resmi dengeleri derinden etkileyince Cumhurbaşkanı Abdullah Gül, devreye girdi. "Bilinen ve bilinmeyen" görüşme trafiğinin içindeki Cumhurbaşkanı, Ergenekon'un perde arkasını bizzat görüştüğü İçişleri Bakanı Beşir Atalay'dan dinledi. Gül'ün üstünde müthiş bir baskı oluştu. Devlet kurumlarının ahenkli çalışmasını gözetmekle yükümlü olan sayın Gül'ün, "darbe hazırlıkları" iddiasıyla ilgili geniş bilgi sahibi olduğu kesin. Üstelik 28 Şubat sürecini yaşamış ve o tarihte bakanlıktan olmuş bir isim olarak hayli deneyimli. Kulislerde Cumhurbaşkanı'nın, Ergenekon bağlantılı isimlerin rolüne dönük net teşhislerde bulunduğu konuşuluyor.
Bağımsız yargının işine karışmamaya özen gösteren Gül, rövanşist duyguların dağılmasına, sağduyunun hakim olmasına, intikam hırsının ayıklanmasına çalışıyor. Bu tarzın başarısı belki de Ağustos başındaki Yüksek Askeri Şura'da ortaya çıkacak. Zira şimdiye kadar irticai faaliyetlere bulaşmasından dolayı Ordu'dan ayrılan asker kişilere bu kez farklı bir uca kaydığı yani darbeye sempati ile baktığı, fikri ve lojistik destek sağladığı öne sürülenlerin emekliliği eklenebilir.