BAŞBAKANLIKTAN İSTİFA ETTİ
27 Mayıs 1997'de Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Vural Savaş tarafından Anayasa Mahkemesine iktidar partisi Refah Partisinin temelli kapatılması istemiyle dava açıldı.
30 Haziran 1997'de koalisyon ortağı Doğru Yol Partisinin protokol gereği başbakanlık koltuğunu alması için Necmettin Erbakan, Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel'e istifasını sundu.
Demirel, DYP Genel Başkanı Tansu Çiller yerine 55. Hükümet'i kurması için Anavatan Partisi Genel Başkanı Mesut Yılmaz'a görev verdi.
Anayasa Mahkemesinde görülen Refah Partisinin kapatılması davası 16 Ocak 1998'de sonuca bağlandı. Refah Partisinin kapatılmasına ve aralarında Necmettin Erbakan'ın da bulunduğu 6 kişiye 5 yıl süreyle siyaset yasağı getirilmesine karar verildi.
Erbakan, partisinin kapatılması kararının ardından yaptığı konuşmada, "Bu alınmış olan karar, tarihin akışı içerisinde basit bir noktadır. Böyle bir kararın yürürlüğe girmesiyle Türkiye'de halkımızın muazzam bir bölümünün partisi olan Refah Partisi ve onun davası, bu kararlardan zerre kadar etkilenmez. Bu kararlardan bir tek sonuç çıkar, o da refah inancının tek başına iktidarı. Bu olayın arkasından Refah Partisi davasının, camiasının çok daha büyüyüp gelişeceği kesinlikle açıktır." ifadesini kullandı.
REFAH PARTİSİ KAPANMADAN FAZİLET PARTİSİ KURULDU
Refah Partisinin kapatılması sürecini beklemeyen partililer, 17 Aralık 1997'de Milli Görüş hareketinin dördüncü partisi olan Fazilet Partisini kurdu. Genel başkanlık görevini de Recai Kutan üstlendi.
14 Mayıs 2000'deki Fazilet Partisinin kongresi, gelenekçi ve yenilikçi kanat şeklinde isimlendirilen parti içi grupların yarışmasına sahne oldu.
Abdullah Gül yenilikçi kanadın, Recai Kutan ise gelenekçi kanadın oylarını aldı.
Bu arada Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Vural Savaş, Fazilet Partisinin de kapatılması için dava açtı. Anayasa Mahkemesi Başkanı Ahmet Necdet Sezer'in Cumhurbaşkanlığı koltuğuna oturmasının ardından Vural Savaş'ın yerine Sabih Kanadoğlu'nu atadı.
Sabih Kanadoğlu'nun hazırladığı delillerle Fazilet Partisi 22 Haziran 2001'de kapatıldı.
Erbakan, Refah ve Fazilet partilerinin kapatılması üzerine, "Atımızı alan yolumuzu da almadı ya" ifadesini kullanmıştı. Bir ay sonra partililer Milli Görüş'ün beşinci partisi olan Saadet Partisini kurdu.
2002'de yapılan erken seçimde, Milli Görüş'ten ayrılan isimlerin kurduğu Adalet ve Kalkınma Partisi, tek başına iktidar oldu. Saadet Partisi ise seçim barajını geçemeyerek TBMM dışında kaldı.
Erbakan, 5 yıllık siyaset yasağının kaldırılmasının ardından Mayıs 2003'te Saadet Partisi Genel Başkanı oldu.
KAYIP TRİLYON DAVASI
Kamuoyunda "kayıp trilyon davası" olarak bilinen Refah Partisinin mali hesaplarına ilişkin açılan davada kendisine verilen hapis cezasından dolayı 30 Ocak 2004'te Saadet Partisi Genel Başkanlığı ve üyeliğinden ayrılmak zorunda kaldı.
Erbakan'ın, sağlık sorunları sebebiyle başvurusundan dolayı cezanın infazı ertelendi. Ankara 9. Ağır Ceza Mahkemesi, Erbakan'ın 2 yıl 4 aylık hapis cezasını yeniden yargılama sonunda değiştirmedi, ancak cezasını konutunda çekmesine karar verdi.
Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından Milli Görüş lideri Necmettin Erbakan'ın "sürekli hastalık" nedeniyle aldığı ev hapsi cezası 19 Ağustos 2008'de kaldırıldı.