Rum Patriği Bartholomeos geçtiğimiz 29 Haziran 2004 tarihinde Roma'ya yaptığı ziyarette Papa II. Jean Paul'ü resmen davet etti. Daha önce 2000 yılında Türkiye Cumhurbaşkanlığı tarafından Papa'ya yapılan resmi davet de gözönüne alınarak bu ziyarete sıcak bakılmaya başlandı. Papa'nın 1979 yılında yine 30 Kasım'da Türkiye'ye yaptığı ziyaretten sonra bu 25 yıl arayla ikinci ziyaret olacaktı. Papa II. Jean Paul ilk ziyareti öncesinde, daha sonra kendisine suikast düzenleyen Mehmet Ali Ağca tarafından tehdit mektubu almıştı.