1204 - IV. Haçlı Seferi sonucu İstanbul işgal edildi. Ayasofya yağmalanıp, harap edildi. Ayasofya Katolik mabedi oldu.
1261 - İstanbul Latinler'den geri alınınca Ayasofya tamir edilip, tekrar Ortodoks mabedi haline getirildi.
1317- İmparator II. Andronikos Ayasofya'yı payandalarla destekletip, geniş bir tamirden geçirdi.
1330 - Kubbenin bir bölümünde ve doğu yönünde meydana gelen çökmeler yüzünden Ayasofya ibadet edilemeyecek hale geldi.
1330 - Kubbenin bir bölümünde ve doğu yönünde meydana gelen çökmeler yüzünden Ayasofya ibadet edilemeyecek hale geldi.
19 Mayıs 1346 - Depremde kubbeler ve ana kemerde ciddi hasarlar meydana geldi.
1354 - İtalyan Mimar Peralta'ya Ayasofya tamir ettirildi.
12 Aralık 1452 - Kardinal Isidoros Ayasofya'da Katolik ayini icra etti. Ortodokslar Ayasofya'ya gelmemeye başladı.
29 Mayıs 1453 - İstanbul fethedildi ve Ayasofya camiye çevrildi. Fatih Ayasofya'da ilk namazı kıldı.
1 Haziran1453 - Ayasofya'da ilk cuma namazı Akşemseddin tarafından kıldırıldı
1453 - Ayasofya Külliyesi'nin ilk yapılarından olan medrese ve ilk minare inşa edildi.
1481-1512 - İkinci minare II. Bayezid devrinde yapıldı. Ayrıca Ayasofya'ya yeni binalar ilave edildi.
1509 - İstanbul'da meydana gelen büyük depremde bina hasar gördü.
1556 - Hürrem Sultan Hamamı olarak da bilinen Ayasofya Hamamı, Mimar Sinan tarafından inşa edildi
1566-1574 - II. Selim devrinde Ayasofya, Mimar Sinan tarafından payandalarla kuvvetlendirildi. Yine bu devirde yeni minare inşa edildi. Ayrıca Ayasofya'da padişah türbelerinin inşasına başlandı. İlk türbe Mimar Sinan tarafından yapılan II. Selim Türbesi'dir.