EMASYA protokolü Genelkurmay ile İçişleri Bakanlığı arasında da ihtilaf konusu olmuş. İçişleri Bakanlığı'nın, 2005'te protokolün değiştirilmesi yönünde Genelkurmay Başkanlığı'na teklifte bulunduğu ancak Genelkurmay'ın terör olaylarını bahane göstererek bu talebi geri çevirdiği ortaya çıktı. Bu durum mülkiye müfettişlerinin 27.02.2005 tarih ve 82/8 sayılı araştırma raporunda açıkça belertiliyor. 28 Şubat muhtırasının ardından hazırlanan ve defalarca kapsamı genişletilerek bugüne gelen protokolün 5442 sayılı İl Kanunu'nun çizdiği sınıra aykırı olarak alan genişlemesi yapıldığı görüldüğü ifade ediliyor.
