Yedikule Bizans'a misafir gelen kralları ve yabancı sarayların mensuplarını ihtişamlı bir şekilde karşılamak için yapıldı.Elde edilen tarihi verilere göre Altın Kapı'yı bir zafer takı olarak dönemin Bizans İmparatoru Theodosius' inşa ettirdi. Theodosiustan sonra tahta geçen oğlu da dört tane yüksek gözlem kulesinden oluşan bir kaleyi kapı ile birleştirdi.

İstanbul'un Fethi ile şehri eline geçiren Fatih Sultan Mehmet, yapıya üç kule daha ekler ve tam yedi tane kule olur. Ayrıca kaleye surlar da ekletip kuleleri bağlayan padişah, burada bir garnizon oluşturur. Böylece Bizans ve Osmanlı uygarlıkları bütünleşmiş olur.

Yedikule Hisarı ve Zindanları, fethin ilk yıllarından başlamak üzere uzunca bir dönem devlet hazinesinin muhafaza edildiği ve ganimetlerin toplandığı bir hisar olarak kullanılmış olsa da hafızalara, yerli ve yapancı pek çok mahkûmun hapsedildiği bir zindan olarak kullanılmasıyla kazınmıştır. Hisar zindan olarak kullanıldığı yıllarda dönemin pek çok ünlü ismi mahkûmiyetine tanıklık etmiştir. Bunlardan en önemlisi genç yaşta tahta çıkan Genç Osman lakaplı II. Osman olmuştur. Genç Osman yeniçeriler tarafından tahtan indirildikten sonra Yedikule Zindanları'na getirilmiş ve burada hunharca katledilmiştir. Genç Osman'dan başka Yedikule Zindanları'na hapsedilen diğer önemli isimler; Trabzon Rum İmparatoru David Kommenos ve oğulları, son Abbasi Halifesi IV. Mütevekkil ve Kırım Hanı Mehmed Giray'dır.

Yedikule zindanlarının kronolojik tarihine bakıldığında 532'de Latin İstilası sırasında Altın Kapı büyük zarar gördü. Ama onarımı sadece 1 yıl sürdü. 868- Yedikule'deki mermerlerin oluşturduğu kulelerin arasında yer açılarak buralar hapishane olarak kullanıldı.1458-1789- Hazine-i Hümayun'un (Osmanlı hazinesi) bu yapıda tutulmaya başlandı.1430-1800- Kuleler Devlet Hapishanesi olarak kullanılıyordu.1430-1800- Kuleler Devlet Hapishanesi olarak kullanılıyordu.1766-İstanbul'da olan deprem sonucu hasar görmüştür fakat onarılmıştır.1851-Abdülmecit döneminde hayvanat bahçesi olarak kullanıldı.1871-1875- Yedikule bu yıllarda Kız Sanat Evi idi.1876- Bu dönemde ilan edilen 1. Meşrutiyet sürecinde hapishane olarak kullanılması istenmiş fakat bu gerçekleşememiştir.

1968- Bu tarihten beri Yedikule Zindanları, İstanbul Hisarlar Müzesi Müdürlüğü'ne bağlı kalmıştır.2004- Yedikule Hisarı özel bir şirkete devredildi.2004- Şehristanbul Derneği kanunsuz bir şekilde devredilen Yedikule Hisarı'nın devir kararının iptali için Mahkemeye başvurdu.2006- İstanbul 1. İdare Mahkemesi Şehristanbul Derneği'nin başvurusunu kabul etti ve Maliye Bakanlığı tarafından özel bir şirkete devrettiği kararını oybirliğiyle iptal etti.
2008- Danıştay 13. Dairesi 24.12.2008 tarih ve 2008/8294 No'lu kararı ile İstanbul 1.İdare Mahkemesi'nin kararını onadı.

Dört tane Bizans İmparatorları'nın, 3 tane de Fatih Sultan Mehmet'in yaptırdığı yedi adet kuleden adını alan bu tarihi yapıtın her kulesine isim verilmiştir.

Genç Osman Kulesi
Bu kulenin Osmanlı tarihinin en genç padişahlarından Genç Osman'ın adını alma nedeni aslında padişahın katledildiği yerin bu bölgenin ikinci katında olmasıdır...

Cephanelik Kulesi
Adından da anlaşılacağı gibi devlete bağlı olduğu süreçte cephane deposu olarak kullanılmıştır. Ayrıca iki hapishane dışında devlet suçlularının hapsedildiği zindanlardan da birisiydi. Yapıyı ziyaret ettiğinizde kirişle tutturulmuş ahşap katları görebilirsiniz.

III. Ahmet Kulesi
Bu kule günümüze kadar dayanamamış ve depremlerle yıkılmıştır. Devrimci padişah III.Ahmet'in adını almasının sebebi yapım ve onarımına bu padişah tarafından büyük katkı yapmış ve katlarının kirişlerle tutturulmasını sağlamış olmasıdır.

Hazine Kulesi
Hemen üstteki başlık Yedikule Zindanları'nın Kronolojisi''nde de göreceğiniz gibi bu hisar bir dönem hazinelerin muhafaza edildiği yerdi. Devletin sahip olduğu bu hazine, Hazine Kulesinde tutulurdu. Fakat daha sonra III. Murat döneminde hazine saraya aktarıldı. Kulenin tarihindeki bir diğer olay ise, hemen yanında bulunan Yanan Kasır köşkünde çıkan yangından etkilenmesi fakat daha sonra onarılmasıdır. Köşkün "yanan" sıfatını almasının sebebi de bu yangındır.

Zindan Kulesi
Kitabeler Kulesi adıyla da anılır. Zindan olarak kullanılan iki kuleden birisidir. İçinde bulunan ahşap katlar çıkan yangınlarda yanarak hasar görmüştür.

Top Kulesi
Yangında yanan bir diğer kuledir. Hapishane olarak da kullanılmıştır.

Bayrak Kulesi
Altın Kapı'nın üstündeki kuledir. Yedi kule arasında en sağlam olanıdır. Sancağın dalgalandığı yer olması nedeniyle yeniçeriler burada nöbet tutardı. Sağlamlığını günümüzde de korumaktadır.
Altın Kapı'ya doğru uzanan yolun adı Trimphalis yoludur. Bu yola kırmızı halı serilir ve misafir krallar burada karşılanırdı.

İstanbul'un en eski mescidi Yedikule'nin yanındadır. Fatih kule inşaatı sırasında mescidi de bu bölgeye yaptırmıştı.

Kesilen başlar Genç Osman Kulesinde bulunan Kanlı Kuyuya atılırdı. Bu kuyu hâla ziyarete açıktır.
Yapıtın bir başka tarihi eseri ise Korkuluk Zinciri'dir. Bu zinciri onarım sırasında işçiler tamiratın bir parçası olarak inşa etmiştir fakat yapım bitince bu zincir yerinde kalmıştır.

Yedikule Hisarı ve Zindanları günümüze değin birçok yenileme çalışmasına sahne olmuştur. Son yıllarda en kapsamlı restorasyonunu 1958 – 1970 yılları arasında ilk kadın türk mimarlarından biri olan Mimar Cahide Tamer'in koordinatörlüğündeki restorasyon ekibi tarafından gerçekleştirilmiştir.